Molts economistes ofereixen el comerç lliure com la millor manera de maximitzar el potencial de l'economia mundial, però aquest camp de joc té guanyadors i perdedors. El lliure comerç pot beneficiar a empreses i indústries individuals que tenen la força per competir sense tarifes de protecció, i podria permetre als consumidors comprar més productes a preus més baixos. Però per a alguns individus, el lliure comerç pot significar llocs de treball perduts i, per a alguns països, pot provocar la desaparició de les indústries crítiques.
Pèrdues massives de feina
A mesura que s'eliminen les barreres comercials, certs productes poden ser més barats d'obtenir a l'estranger que fer-los a nivell nacional. Per això, les pèrdues de llocs de treball són probablement més enllà de les indústries menys competitives. Encara que la majoria dels economistes argumenten que aquests treballadors poden ser assignats a indústries més eficients en què els Estats Units tenen un avantatge comparatiu i això beneficia al país en general, això no sempre és probable o pràctic. A més, aquests ajustos són més fàcils de fer a llarg termini que a curt termini. No sempre és fàcil per a algú que treballa en una fàbrica tota la vida per començar una nova carrera com a especialista en tecnologia de la informació, per exemple.
Preus depredadors
Si el comerç té lloc sense barreres, fins i tot una empresa eficient pot ser cremada per un rival a l'estranger amb una estratègia predatòria de preus. Una empresa estrangera amb bosses profundes, per exemple, podria abocar els seus productes al mercat dels EUA per forçar a tothom fora del mercat. Una vegada que es produeixi, l'empresa gaudiran d'un lloc de monopoli i podran obtenir preus en conseqüència. Alguns acords de lliure comerç permeten arancions de represàlies si aquestes accions es poden demostrar.
Vulnerabilitat augmentada
Des d'una perspectiva estratègica, el lliure comerç pot deixar un país vulnerable si provoca la desaparició d'indústries crítiques. Si un país creix depèn d'un altre per a productes o serveis crítics, pot estar subjecte a pressió política i negar-se l'accés als béns si l'acord es trenca de sobte. A més, un país amb un acord de lliure comerç o un acord de comerç preferent amb un país veí pot lluitar contra una expansió d'aquest acord a altres nacions si això fa malbé la seva pròpia posició. Un exemple d'això es va produir quan Rússia va amenaçar amb trencar el seu acord comercial amb Ucraïna i col·locar una tarifa sobre béns d'Ucraïna quan aquests últims van buscar vincles més estrets amb la Unió Europea.
No es poden desenvolupar noves indústries
Les indústries en desenvolupament sovint es beneficien d'estratègies internes que influeixen en la producció, com ara tarifes de protecció o fraccions fiscals. A mesura que aquestes proteccions desapareixen, les noves indústries poden trobar dificultats per establir-se. Seria difícil per a un empresari l'objectiu d'aconseguir una indústria en què el cost sigui una alta barrera d'entrada, per exemple, considerar la possibilitat de llançar el seu producte en un país determinat si els competidors estrangers ja gaudeixen d'economies d'escala i d'accés fàcil als mercats nacionals.
Problemes fiscals
El lliure comerç pot obstaculitzar la capacitat d'una nació per cobrar impostos de les corporacions nacionals. Un país que permeti el lliure comerç i la lliure circulació de capitals fora de les seves fronteres i té un alt índex d'impostos pot veure que les indústries portàtils emigren a altres llocs. Mentre que alguns llocs de treball són difícils de moure, una granja, per exemple, no es pot traslladar fàcilment a l'estranger, és possible que les empreses puguin trobar més fàcil canviar les oficines centrals en un altre lloc i canviar mètodes comptables per registrar beneficis en zones més avantatjades per impostos.