Moltes empreses utilitzen programari de comptabilitat per ajudar a automatitzar tasques de comptabilitat rutinàries, establir controls i crear informes financers. Amb múltiples paquets de programari de comptabilitat en el mercat, sol haver-hi un que pot coincidir amb la majoria de les necessitats d'un negoci, ja sigui una gran corporació o una única empresa. Si bé el programari de comptabilitat pot ser un estalvi de temps i ajudar a preservar les dades, hi ha alguns desavantatges d'utilitzar programari de comptabilitat.
Pèrdua de dades o servei
Quan un negoci depèn del programari de comptabilitat, qualsevol pèrdua de servei a causa d'un tall d'alimentació o d'ordinadors pot provocar una interrupció del treball. Les interrupcions del treball poden evitar l'entrada de nova informació i evitar l'accés a la informació emmagatzemada. A més, si la informació no està protegida correctament, una interrupció de l'ordinador podria provocar dades financeres perdudes.
Informació incorrecta
La informació en un sistema de comptabilitat només és vàlid com la informació introduïda al sistema. Atès que la majoria de sistemes comptables requereixen una entrada manual de dades, els resultats financers podrien ser incorrectes, tret que es revisin totes les dades d'entrada. Si hi ha una tendència a revisar només els informes finals o la sortida d'un sistema de comptabilitat, pot ser que sigui difícil trobar informació defectuosa.
Configuració del sistema
Totes les empreses tenen aspectes únics que poden causar dificultats quan es tracta d'adaptar un paquet de programari de comptabilitat genèric a les seves necessitats. Tot i que la personalització està disponible per a molts programes, pot provocar un temps d'inactivitat i possibles inexactituds si no es fa correctament. A més, a mesura que un negoci creix, pot haver-hi una necessitat de canviar paquets de programari de comptabilitat; això podria provocar una gran interrupció, ja que la informació s'ha de migrar i es necessita una nova formació per al personal.
Cost
Un desavantatge del programari de comptabilitat és el cost que suposa. Més enllà del desemborsament inicial per adquirir el programari, hi ha el cost de manteniment, personalització, formació i maquinari. Tot i que l'estalvi de temps pot justificar el cost, per a algunes empreses, pot trigar anys abans que una inversió en programari de comptabilitat pagui per si mateixa.
Frau
La informació emmagatzemada electrònicament es pot manipular i accedir si no hi ha controls i mesures de seguretat adequades. Es necessiten controls estrictes per assegurar que només el personal autoritzat utilitzi el programari de comptabilitat i tingui accés als informes. Atès que les dades financeres poden ser delicades i confidencials, utilitzar programari de comptabilitat crea el potencial de frau.