Els conflictes ètics són una part inevitable del treball encobert. Sovint es requereix que els oficials construeixin amistats i relacions amb els sospitosos que eventualment traeixen a la sala del tribunal. La necessitat constant de passar d'una persona criminal a la veritable identitat de l'oficial també pot trencar o tensar les relacions familiars. Abandonats sols durant períodes prolongats, els oficials poden trobar-se més disposats a reduir els racons ètics, sobretot si observen millores perspectives laborals.
Relacions traïdes
Per als agents incrustats, construir casos significa formar relacions properes als sospitosos que eventualment traeixen. L'ex agent federal Billy Queen es va enfrontar a aquestes realitats durant una investigació de dos anys de la banda de motos de Mongols, "The Washington Post" va informar a l'octubre de 2005. La reina no tenia il·lusions sobre la inclinació dels mongols per la violència, tot i que va agradar a molts d'ells personalment. L'estrès de malabarisme d'aquestes emocions conflictius va obligar finalment a la reina a retirar-se de l'Oficina d'Alcohol, Tabac, Armes de Foc i Explosius dels EUA, segons va informar el diari.
Riscos de corrupció
Un dels conflictes clandestins més antics és haver de representar criminals sense creuar la línia. El cap de la policia nacional filipina, Jesús Verzosa, va expressar aquesta raó per prohibir l'ús de substàncies il·legals durant les investigacions de drogues, la xarxa ABS-CBN va informar el febrer de 2009. L'ordre del cap seguia informes que 221 de 25,134 agents de policia havien fracassat en proves de drogues. Un escàndol semblant va sacsejar el barri de Brooklyn de Nova York, on quatre agents van ser arrestats i sis més van suspendre per recompensar als informants amb drogues, el "New York Times", que es va declarar el gener de 2008.
Problemes d'identitat
Aïllats de familiars i amics, els oficials encoberts lluiten per equilibrar les seves identitats reals i assumides. El treball de la reina contra els mongols va obligar a traslladar la seva ex esposa i dos fills, que no tenien idea del que estava passant, va assenyalar el "Washington Post". Els oficials britànics també han estat acusats de negociar sexe per obtenir informació. Un tribunal va citar aquestes preocupacions en la revocació de la condemna d'assassinat de Colin Stagg, "The Guardian" va informar al gener de 2011. La sentència va seguir informes que una policia clandestina va iniciar una relació amb Stagg per guanyar confessió.
Integritat perduda
Malgrat els seus riscos i tensions, el treball encobert segueix sent una proposta atractiva per a detectius i policies que busquen una carrera a llarg termini. Invertejar-se a la ciutat de Nova York pot garantir una promoció de detectius en 18 mesos, en lloc de tres a cinc anys, els estats del "New York Times". Aquests processos també poden generar una mentalitat de tall de cantonada que pugui perjudicar la reputació d'una agència. El 2003, per exemple, 30 oficials d'estupefaents van ser traslladats fora de Brooklyn South per haver presumptament $ 30,000 en hores extraordinàries del departament, segons informa el "New York Times".
