Avui dia, les persones que busquen enviar béns (o moure persones) probablement admetin que no sempre té sentit adherir-se a un sol mode de transport. Per exemple, la càrrega pot ser descarregada d'un vaixell a un camió, que el trasllada a un railyard, des d'on es traslladarà per tot el país en tren. El transport intermodal pot ser més eficient i més econòmic; en alguns casos, però, hi ha hagut desavantatges en termes de rapidesa i fiabilitat.
Velocitat
Encara que el transport intermodal ofereix beneficis de costos relativament baixos en comparació amb altres mètodes, obté això per sacrificar la velocitat; En qualsevol moment, la càrrega es transfereix a un mitjà de viatge comparativament més lent, per exemple, els trens, que funcionen amb rails fixos que no poden oferir-se com a recorregut directe, ja que les carreteres que utilitza un camió, es desaccelera. Per operar amb la màxima eficiència, el transport intermodal també ha de reduir la quantitat de temps esperat en els dipòsits per a que arribi un transportista nou o que es descarregui la càrrega.
Falta de fiabilitat
A causa de la seva dependència de més d'un mode de trànsit, el transport intermodal també està subjecte a una menor fiabilitat global; A mesura que creix la cadena de diferents maneres, també augmenta la possibilitat que qualsevol enllaç de la cadena es trenqui. Això és particularment problemàtic quan un dels modes de transport és el ferrocarril; els ferrocarrils són més susceptibles a retards introduïts per mal temps o fracàs dels equips. Per aquest motiu, a més de les preocupacions sobre la velocitat, els navegants que requereixin un transport confiable i d'alta velocitat tenen menys possibilitats de considerar els sistemes intermodals.
Danys
Quan cal carregar la càrrega, els transportistes arrisquen la possibilitat de danys, ja que el transport de mercaderies es transfereix d'un mètode de transport a un altre. Afortunadament, aquest perill es pot mitigar, però això implica, en general, el sobrepès afegint més material protector i protector del que normalment es consideraria suficient. Aquest pes i despesa afegit contraresta parcialment els avantatges que té el transport intermodal en termes d'eficiència i cost energètic.
Costos d'Alta Infraestructura
El transport intermodal de mercaderies també pateix costos d'infraestructura relativament alts. La contenció ha reduït el cost i la dificultat del transport de mercaderies estandarditzant la seva forma; els carregadors poden moure fàcilment el mateix contenidor d'un vaixell a un tren per a un camió. El maneig d'aquests contenidors, però, requereix que els carregadors disposin de grues i equips pesants necessaris per manipular contenidors grans; aquesta infraestructura pot no existir a tots els llocs, especialment als països en desenvolupament.
